Vltavotýnské Městské muzeum shromáždilo pozoruhodné sbírky, které čítají přes 57 tisíc sbírkových předmětů. Sbírka je zapsána v Centrální evidenci sbírek, čímž je stvrzen její mimořádný význam pro uchování lokální i regionální identity. Je členěna do podsbírky Historická (od pravěku do současnosti: 3D předměty včetně obrazů, dokumenty archivní povahy), a podsbírky Fotografie, filmy, videozáznamy a jiná média (od 19. století do současnosti). Sbírkové předměty uchovávané v Městském muzeu jsou dokladem o způsobu života našich předků a svou hmotnou podstatou ukotvují současnost v minulosti. Sbírkové předměty pravidelně zapůjčujeme na významné výstavy našich partnerů (Národního památkového ústavu, Muzea hl. města Prahy aj.).
Sbírky lze zkoumat v naší badatelně, která disponuje také bohatým fondem regionální historické literatury.